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Le décret prévoit également des mesures diverses en matière de santé pour les agents de l’État : rémunération versée en congé de longue maladie pour certains agents, extension du champ de la subrogation des indemnités journalières de sécurité sociale aux agents en temps partiel thérapeutique. Enfin, il prévoit une évolution de la procédure afférente au temps partiel thérapeutique.

Le dispositif du temps partiel thérapeutique permet à un agent public, en raison de son état de santé, de reprendre ou de poursuivre son activité en travaillant à temps partiel sur prescription médicale et après autorisation de son employeur. 

Il vise à favoriser un retour à l’emploi progressif ou un maintien dans l’emploi, en conciliant :  la protection de la santé de l’agent et la poursuite des soins ; le maintien dans l’emploi et la prévention de la désinsertion professionnelle ; la continuité du service grâce à une reprise encadrée et adaptée. 

À partir du 1^er août 2026, la procédure afférente aux autorisations de service à temps partiel pour raison thérapeutique (TPT) dans la fonction publique évolue.

Pour toute demande de TPT à compter de cette date, y compris en cas de renouvellement, de nouvelles règles s’appliqueront : l’employeur disposera d’un délai maximal de trente jours à compter de la réception de la demande pour statuer sur celle-ci. En revanche, dans les cas d’une reprise d’activité après un congé maladie long, la mise en place du TPT se fera sans délai ; l’employeur devra solliciter l’avis d’un médecin agréé s’il envisage de refuser une demande d’autorisation pour raison médicale ; il pourra également refuser cette demande pour des nécessités liées au fonctionnement du service, mais ne pourra le faire qu’après un entretien avec l’agent concerné et son refus devra être motivé ; le TPT pourra être prescrit pour une durée pouvant aller jusqu’à 1 an sans périodicité obligatoire ; un contrôle médical pourra être demandé par l’employeur à tout moment, lors de l’octroi du TPT, de son renouvellement ou en cours de TPT. Si l’agent refuse ce contrôle ou est absent sans justification lors de ce contrôle, le TPT sera refusé ou il sera mis fin au TPT en cours ; lorsque l’agent conteste les conclusions du médecin agréé en cours de TPT, ses droits à TPT sont maintenus jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis. 

Important : seule la procédure est modifiée. Les conditions médicales d’accès au TPT, les quotités de travail, les règles de rémunération et de rechargement, ainsi que la durée maximale totale d’un an ne changent pas. 

En cohérence avec les règles applicables à partir du 1^er septembre 2026 aux personnes relevant du régime général de l’assurance maladie, les modalités de gestion des arrêts de travail dans la fonction publique évoluent elles-aussi à partir de cette date. 

Une nouvelle procédure s’appliquera aux agents pour bénéficier d’un arrêt de travail pour raisons de santé : 

un arrêt de travail pourra être accordé lorsque l’agent produira le formulaire Cerfa sécurisé que chaque prescripteur doit dorénavant établir ; la durée de la prescription d’arrêt sera plafonnée, comme pour les salariés, à un mois pour un premier arrêt, puis deux mois pour une prolongation.

Des dérogations seront possibles pour le prescripteur, au vu de la situation médicale de l’agent. En conséquence, le contrôle médical en cas de renouvellement de congé long est allégé ;  le maintien de rémunération pendant l’arrêt sera poursuivi uniquement lorsque l’arrêt aura été prolongé par le prescripteur initial (sauf indisponibilité de ce prescripteur ou impossibilité d’y recourir) ;

les employeurs pourront diligenter des contrôles de présence au domicile lorsque la prescription médicale sera assortie d’une telle obligation. La rémunération de l’agent pourra être suspendue en cas de refus ou d’absence injustifiée ;

à terme, les médecins agréés pourront proposer aux agents concernés d’effectuer certains contrôles médicaux à distance, et ainsi garantir un suivi sans délai de leur situation.
   

En première année de congé de longue maladie ou de congé de grave maladie, les agents publics de l’État continueront de bénéficier de la majoration ou de l’indexation liée à leur affectation outre-mer dans les mêmes proportions que leur traitement. 

Les agents dans l’attente de l’attribution d’un congé de longue maladie ou de longue durée alors qu’ils sont en fin de droits à congé maladie ordinaire auront droit à une indemnité d’attente. Cette mesure permet d’éviter la discontinuité de prise en charge qui peut arriver dans certains cas où l’avis du conseil médical peut tarder à intervenir.

Enfin, les agents des trois versants bénéficieront de la possibilité de commencer ou de poursuivre une formation durant un congé pour raisons de santé, sous réserve d’un avis favorable du médecin agréé. 

Les principes fondamentaux des arrêts de travail pour raisons de santé dans la fonction publique demeureront inchangés : respect de la prescription et du secret médical, modalités de rémunération et durées totales, contrôle de l’aptitude à la reprise par la médecine agréée. Et à partir de 2028, un dispositif de visite de reprise permettra de compléter ces dispositions, afin de favoriser le retour à l’emploi.